Bashir fue recogido por su familia y lo llevaban a su casa en Java central, dijo una portavoz de la dirección general de correccionales del Ministerio de Derecho y Derechos Humanos.
Las fotografías lo mostraban con una bata blanca, una gorra blanca y una máscara facial cuando salía de la prisión en Bogor, al sur de Yakarta.
«Abu Bakar Bashir fue liberado de la prisión de Gunung Sindur a las 5.30 de la mañana», dijo a los periodistas la portavoz Rika Aprianti, y agregó que estaba sano desde su partida.
Bashir, de 82 años, quien es considerado el líder espiritual de Jemaah Islamiah (JI), una red yihadista con vínculos con al-Qaeda, fue encarcelado en 2011 durante 15 años por sus vínculos con un campo de entrenamiento militante en la provincia de Aceh.
Después de recibir reducciones periódicas en su pena de cárcel, cumplió 10 años de prisión.
Aunque la policía indonesia y las agencias de inteligencia occidentales dicen que Bashir estuvo relacionado con los ataques de Bali que mataron a 202 personas y un ataque en 2003 contra el hotel JW Marriott en Yakarta, nunca fue condenado por ellos y negó esos vínculos.
Los atentados de Bali mataron a 88 australianos y la ministra de Relaciones Exteriores del país, Marise Payne, dijo esta semana que Indonesia debe garantizar que Bashir no incite a más violencia.
Thiolina Marpaung, una indonesia herida en los ataques de 2002, dijo que quería que las autoridades siguieran supervisando a Bashir.
«No sabemos qué estaba haciendo en prisión», dijo por teléfono. «El gobierno aún debe ejercer control sobre los actores del terrorismo en Indonesia que han estado fuera de la cárcel».
Bashir juró lealtad al Estado Islámico en 2014 mientras estaba en la cárcel.
Eddy Hartono, de la agencia antiterrorista de Indonesia, dijo que Bashir ahora se someterá a un programa de desradicalización.
«Esperamos que Abu Bakar Bashir, después de su libertad, pueda dar sermones pacíficos y tranquilizadores», dijo en un comunicado.
A raíz de los ataques de Bali y con el respaldo de Australia y Estados Unidos, Indonesia estableció una unidad antiterrorista de élite que debilitó a JI y provocó que decenas de presuntos militantes fueran arrestados o asesinados.
Pero desde entonces otros grupos extremistas se han formado y llevado a cabo ataques en el país de mayoría musulmana más grande del mundo, y solo el mes pasado la policía arrestó a 23 militantes, incluido Zulkarnaen.
Abdul Rohim, el hijo de Bashir, dijo a Reuters antes del lanzamiento que su padre regresaría al internado islámico Al Mukmin cerca de Solo en la provincia de Java Central, que Bashir fundó en la década de 1970 y cuyos graduados en el pasado han estado vinculados a redes militantes y Ataques.
«Ha completado su mandato. Esto simplemente ha terminado», dijo Rohim, y agregó que conduciría la predicación islámica.
Los analistas de seguridad dicen que aunque Bashir no ejerce tanto poder sobre JI u otros grupos, aún podría influir en otros militantes.
«Bashir es un ideólogo, sus palabras serán seguidas y convertidas en ejemplos», dijo el analista Stanislaus Riyanta.