El internacional de Portugal anotó dos goles en una devastadora exhibición de la primera parte que incluyó un remate sublime para su primer partido.
El jugador de 26 años envió una media volea perfecta a la red después de solo nueve minutos y la siguió con un simple remate para duplicar su cuenta en 20 minutos.
Sin embargo, la noche podría haber sido aún mejor para Fernandes, quien tuvo una oportunidad de oro para completar su ‘hat trick’ después de que el árbitro concediera un penalti a los anfitriones turcos.
El lanzador de penales habitual del United, que anotó un penalti el sábado, parecía listo para ejecutar el penal, pero optó por pasar el balón a Marcus Rashford.
El internacional inglés doblemente obligado a poner su equipo arriba 3-0 y se fue directo a Fernandes para celebrar.
«Después del último partido de la Premier League, le dije (a Rashford) que podía lanzar el siguiente penalti, así que lo recordé», dijo Fernandes a BT Sport después del partido.
«Además, es uno de los máximos goleadores de la Liga de Campeones. Para él es importante seguir adelante y tener esa confianza. No importa quién se lleve. Cuando el equipo marca, yo también marco».
Fernandes en llamas
Fernandes ha tenido un gran impacto en el Manchester United desde que se unió a principios de año, pero pocos momentos han sido tan impresionantes como el primer gol.
Atrapó el tiro a la perfección después de que el balón fue despejado desde un ángulo y lo perforó más allá del portero Mert Gunok desde fuera del área.
«Fue un gol realmente bueno. Siempre digo que tenemos que estar preparados fuera del área para este tipo de situaciones o, a veces, para detener el contra», agregó.
«Esta vez fue para disparar, tal vez la próxima vez tenga que cometer una falta y sacar una tarjeta amarilla».
Su segundo fue un poco más afortunado después de que Gunok derramara una cruz a los pies del mediocampista, que tenía el simple trabajo de hacer tapping.
Fernandes ha participado en 34 goles en sus 35 apariciones, 21 goles y 13 asistencias, desde que se mudó a Old Trafford, según la firma de análisis deportivo Opta.
Su influencia quedó acentuada después de que se le quitara en la segunda parte cuando se ganó el partido.
United, que fue tan impresionante avanzando con Fernandes en el campo, no tuvo muchas ideas en el segundo período, ya que se permitió que Basaksehir volviera al juego.
El suplente de la segunda parte, Daniel James, finalmente puso fin al partido en el tiempo de descuento después de que Deniz Turuc anotara un tiro libre para dar a los visitantes una sensación de esperanza.
El United necesita solo un punto para sus dos próximos partidos de grupo para clasificarse para los octavos de final y se enfrentará a los finalistas derrotados del año pasado, el Paris Saint-Germain.
Noche ocupada de acción
Por otra parte, la Juventus se clasificó para los octavos de final de la Liga de Campeones después del drama tardío en su juego contra el Ferencvaros.
Los visitantes habían tomado una ventaja sorpresa en la primera parte a través de Myrto Uzuni, quien utilizó descaradamente la celebración icónica de Cristiano Ronaldo.
Un truco de este tipo fracasó poco después, ya que Ronaldo igualó las puntuaciones con un esfuerzo de largo alcance.
Los anfitriones dominaron el segundo período y finalmente encontraron al ganador cuando Álvaro Morata anotó un cabezazo en el tiempo de descuento.
Mientras tanto, el Barcelona aseguró un paso seguro a los octavos de final después de una cómoda victoria por 4-0 sobre el Dynamo Kyiv.
Un doblete de Martin Braithwaite fue marcado por goles de la estrella estadounidense Sergino Dest y Antoine Griezmann.
El Barcelona se quedó sin su estrella, Lionel Messi, después de que el técnico Ronald Koeman decidiera dar descanso a varios jugadores habituales del primer equipo.