El argentino llegó al punto de referencia con un cabezazo en picada, luego de que su penalti inicial hubiera sido detenido por el portero Jaume Domenech.
Pelé, considerado uno de los mejores futbolistas de todos los tiempos, anotó 643 goles para el Santos brasileño entre 1956 y 1974.
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Messi marcó su primer gol con el Barcelona en 2005 y necesitó 748 partidos para alcanzar el récord de Pelé.
Sin embargo, las celebraciones de Messi se vieron empañadas por el empate de Maxi Gómez en el minuto 69 para el Valencia.
El empate extiende el lento comienzo de la temporada del Barcelona, que ha visto al equipo ganar solo seis de sus primeros 13 partidos y caer ocho puntos detrás del líder de La Liga, el Atlético de Madrid.