Con prácticamente su primer toque del partido, el delantero portugués volcó a casa un impresionante balón de su compañero internacional Bruno Fernandes para abrir su cuenta en la competición de esta temporada, con el tanto que llega 12 años y 132 días después de su último gol del United en la Champions League.
Ronaldo ahora tiene 135 goles en competición, 15 por delante de Lionel Messi en segundo lugar.
Ya había sido una noche agitada para Ronaldo en la capital suiza de Berna después de que un disparo descarriado durante el calentamiento previo al partido golpeara a un guardia de seguridad que estaba cerca de las gradas.
Ronaldo saltó rápidamente sobre los carteles publicitarios para ir a ver al guardia, que estaba siendo atendido por otros miembros del personal del estadio.
En el campo, las cosas se complicaron un poco más para el United más adelante en la primera mitad después de que el defensor Aaron Wan-Bissaka recibió una tarjeta roja directa por una embestida torpe sobre Christopher Martins.
Young Boys comenzó la segunda mitad con el pie delantero y su ventaja de hombre extra pronto comenzó a mostrarse, ya que el United se vio obligado a defender ola tras ola de ataques desde camisetas amarillas y negras.
El equipo local consiguió el gol del empate que merecía su dominio, ya que Nicolas Ngamaleu remató a puerta un centro desviado de Silvan Hefti a los 20 minutos del segundo tiempo.
Sin embargo, a pesar de dominar por el resto del partido, Young Boys tardó hasta la patada final para encontrar un ganador frente a una ruidosa multitud local.
El descuidado pase hacia atrás de Jesse Lingard en los últimos segundos permitió a Theoson Jordan Siebatcheu ponerse detrás de la defensa del United y pasar tranquilamente el balón por encima de David de Gea.
La multitud dentro del estadio Wankdorf estalló y las celebraciones de la histórica victoria probablemente continuarán hasta bien entrada la noche.